如果税务局查出虚假发票，企业应当及时补开、换开发票。如果支出真实且已实际发生，应当要求对方补开、换开发票、其他外部凭证。补开、换开后的发票、其他外部凭证符合规定的，可以作为税前扣除凭证。如果发票对应年度企业所得税汇算清缴期已经结束，企业应当自被税务机关告知之日起60日内补开、换开符合规定的发票、其他外部凭证。
如果因客观原因确实无法补开、换开发票时，企业可以提供相关资料证实支出真实性。企业在补开、换开发票、其他外部凭证过程中，因对方注销、撤销、依法被吊销营业执照、被税务机关认定为非正常户等特殊原因无法补开、换开发票、其他外部凭证的，可凭相关资料证实支出真实性后，其支出允许税前扣除。
一、虚假发票的法律问题
定义与性质
虚假发票是指违反税收法规，以虚构的事实或者隐瞒、歪曲真实情况为手段，开具的具有税收违法行为性质的发票。虚假发票行为严重损害了国家税收利益，扰乱了税收秩序，对社会经济秩序造成了极大的危害。
主要表现形式
虚假发票的主要表现形式有：(1)伪造、变造发票；(2)故意填制虚假发票；(3)非法代开发票；(4)虚开发票抵扣税款等。
法律责任
根据《中华人民共和国税收征收管理法》、《中华人民共和国发票管理办法》等相关法律法规的规定，开具、持有、使用虚假发票的行为，将承担相应的法律责任，包括但不限于罚款、追缴税款、没收违法所得、行政拘留、刑事处罚等。
二、应对虚假发票的法律措施
加强税收征管
政府部门应加强对企业的税收征管，提高税收征管效率，加大对虚假发票行为的查处力度，确保税收政策的有效实施。
完善立法
针对虚假发票的违法行为，完善相关法律法规，明确各类虚假发票行为的法律责任，为打击虚假发票提供法律依据。
强化宣传培训
加强对纳税人的税收政策宣传和培训，提高纳税人的法律意识和诚信纳税意识，引导纳税人自觉抵制虚假发票行为。
建立举报奖励制度
鼓励广大群众积极举报虚假发票行为，对于查实的举报人给予一定的奖励，形成全社会共同参与打击虚假发票的良好氛围。
跨部门联合执法
税务部门、公安机关、工商行政管理部门等部门要加强协作，形成跨部门联合执法机制，共同打击虚假发票行为。
打击虚假发票行为是维护国家税收利益和社会经济秩序的重要任务。各部门要共同努力，加强法治建设，提高税收征管水平，为构建公平、公正、透明的税收环境作出贡献。
